В 1944 году на базе эвакуированного Киевского медицинского института в Челябинске был создан собственный медицинский вуз. До конца 70-х годов XX века в составе института работал только лечебный факультет, а в 1991 году при вузе была открыта собственная клиника. Статус академии был присвоен вузу в 1995 году, а сегодня ЧелГМА является одной из ведущих российских медицинских академий, сочетающих мощную фундаментальную и клиническую подготовку студентов.
В настоящее время на 6 факультетах додипломного образования силами 59 кафедр реализуются непрерывные образовательные программы подготовки специалистов, имеющих высшее фармацевтическое, медицинское, гуманитарное образование. Выпускники академии – социальные работники и фармацевты, менеджеры и медицинские сестры, стоматологи, и педиатры – успешно работают в медицинских учреждениях и организациях не только Уральского региона, но и во многих городах России и даже за рубежом.
В структуре ЧелГМА особое место принадлежит Центральной научно-исследовательской лаборатории, консультативно-диагностическому центру и НИИ иммунологии – именно здесь разрабатываются важнейшие проекты, направленные на повышение качества медицинских научных исследований и внедрение их результатов в систему практического здравоохранения.